Eleme turu formatına göre, 12 grubu lider olarak tamamlayan ve UEFA Şampiyonlar Ligi grup aşamasında 3. olarak Avrupa Ligi'ne giden 8 takım arasında en iyi 4 dereceyi elde eden ekipler, seri başı olacak.
UEFA Avrupa Ligi gruplarını 2. bitiren 12 takım ve UEFA Şampiyonlar Ligi grup aşamasında 3. olarak Avrupa Ligi'ne giden 8 takım arasında en kötü 4 dereceyi alan kulüpler ise 2. torbadan kura çekimine katılacak. 32 takımın mücadele edeceği eleme turunda, aynı gruptan gelen ya da aynı ülkenin federasyonuna bağlı takımlar eşleşemeyecek.
Buna göre, A Grubu'nu, Norveç temsilcisi Molde'nin arkasında ikinci sırada bitiren Fenerbahçe ile UEFA Şampiyonlar Ligi'nde C Grubu'nu 5 puanla 3. sırada tamamlayarak Avrupa Ligi'ne katılmaya hak kazanan Galatasaray, kurada seri başı olarak yer almayacak.
İki takımın muhtemel rakipleri arasında Şampiyonlar Ligi'nden gelen seri başı takımlar Porto, Olympiakos, Manchester United, Bayer Leverkusen veya Avrupa Ligi'nde gruplarını lider tamamlayan Molde, Liverpool, Krasnodar, Napoli, Rapid Wien, Braga, Lazio, Lokomotiv Moskova, Basel, Tottenham Hotspur, Schalke 04 ve Athletic Bilbao yer alıyor.
Fenerbahçe, bu takımlar arasında Molde ile önceki turda aynı grupta yer aldığı için eşleşemeyecek.